Priezračná, studená voda plies priam nabáda návštevníkov a ich psích spoločníkov, aby sa počas náročnej letnej túry ochladili a okúpali. Tatranské plesá sú však citlivým ekosystémom, sú domovom mnohých drobných živočíšnych druhov – jedinečných glaciálnych reliktov alebo endemitov obývajúcich len určité lokality, pri ktorých aj malé zmeny prostredia môžu viesť k ich zániku. Problémom je, že náhradné populácie týchto druhov neexistujú alebo sú príliš vzdialené. Tieto chladnomilné druhy našli svoje útočisko v poľadovej dobe práve vo vyšších polohách tatranských plies. Známym druhom je napríklad chránený glaciálny relikt žiabronôžka severská (Branchinecta paludosa) alebo glaciálny relikt veslonôžka (Cyclops abyssorum). Kúpanie sa v plesách z dlhodobého hľadiska negatívne vplýva na ich celkový stav.

Podľa najnovších štatistík príde do TANAPu ročne 3,5 až 4 milióny návštevníkov. Keby len štvrtine z tohto počtu turistov bolo dopriate okúpať sa v plese, tak by sa nenávratne zmenila kvalita týchto ekosystémov. Keby každý kúpania chtivý návštevník TANAPu poznal skutočnú hodnotu krištáľovo čistej vody ľadovcových jazier, z ktorých je kedykoľvek možné napiť sa bez obáv, určite by sa vzdal úmyslu uškodiť týmto drahokamom Tatier.

Prvotné poškodenie týchto ekosystémov vzniká už len samotným prístupom návštevníka k plesu, ktorý sa pohybuje mimo značkovaného turistického chodníka. Pobrežná okrajová časť plesa (tzv. litorál) je citlivá na zošľapávanie brehov a vegetácie. Dochádza tak k erózii brehov, zakaľovaniu vody a poškodzovaniu pobrežnej vegetácie, ktorú často tvoria chránené druhy rastlín a pobrežných biotopov. Druhým faktorom je samotný vplyv kúpania na chemizmus vody. Opaľovacie krémy, deodoranty a repelenty obsahujú rôzne chemické substancie, ktoré sa môžu uvoľňovať počas kúpania do vody. Z mnohých vedeckých štúdií je známe, že látky obsiahnuté v niektorých krémoch spôsobujú hormonálnu nerovnováhu organizmov až poškodenia buniek. Zloženie syntetických vôní v krémoch nie sú výrobcovia povinní uverejňovať, no môžu sa za ním schovávať nebezpečné a karcinogénne chemikálie. UV filtre používané v opaľovacích krémoch spôsobujú u živočíchov reprodukčnú a vývojovú toxicitu a narúšajú funkciu štítnej žľazy.

Z čias druhej polovice minulého storočia trpeli tatranské plesá výraznou acidifikáciou, ako dôsledok emisií kyselinotvorných látok v ovzduší a tiež zvýšeným množstvom ťažkých kovov a dusíka. Situácia sa v ostatných rokoch začala zlepšovať, pričom je nevyhnutné zachovať stav postupného ozdravovania plies. V súvislosti so zlepšovaním chemizmu tatranských plies bol v roku 2000 vo Vyšnom Wahlenbergovom plese zaznamenaný výskyt acidofóbnej ploskule horskej (Crenobia alpina).      
Za vstup návštevníkov do plies hrozí v zmysle zákona o ochrane prírody a krajiny pokuta až 66 euro. Tatranské plesá majú vysokú biologickú a kultúrnu hodnotu a z týchto dôvodov si vyžadujú čo najprísnejšiu ochranu.